Educado en Leopoldville (Kinshasa) y Coquilhatville, completó su formación militar en la Escuela de Cuadros de Luluaburgo. Finalizados sus estudios (1950) fue asignado al Cuartel General de la Fuerza Pública de Leopoldville, entonces bajo administración belga.
Mobutu ejerció también el periodismo. En 1956 pidió la excedencia en la Fuerza Pública e ingresó como colaborador regular en el periódico "L'Avenir". Asimismo, trabajó en "Actualites Africaines", publicación de la que llegó a ser redactor-jefe.
Comenzó su carrera política afiliándose al Movimiento Nacional Congoleño, que pidió en esos años la independencia del país. Delegado en Bruselas para participar en los trabajos de la "Mesa redonda" congoleño-belga (1959-60), intervino en las negociaciones que culminaron en el reconocimiento internacional de la soberanía de la entonces República del Congo, en enero de 1960.
Vicepresidente del sector económico y social de la "Mesa redonda" que tuvo como misión la transmisión de poderes al nuevo Estado del Congo, Mobutu fue nombrado secretario de Estado de la Presidencia en el primer gobierno de Patrice Lumumba (junio de 1960).
Los acontecimientos políticos internos hicieron que el presidente congoleño, Joseph Kasabuvu, destituyera a Lumumba el 14 de julio de 1960 mientras las Naciones Unidas enviaban al país un cuerpo expedicionario internacional.
En noviembre de dicho año Mobutu se hizo cargo del Poder Ejecutivo y estableció una administración de Comisarios generales y en 1961 el presidente Kasavubu lo nombró comandante en jefe del Ejército congoleño con el rango de general.
Realizó una gran labor de reorganización de las fuerzas armadas, preparándolas para asumir sus funciones una vez salieran del país los "cascos azules" de la ONU.
El 24 de noviembre de 1965 Mobutu, con el apoyo de altos jefes militares congoleños, asumió el poder y la jefatura del Estado tras destituir al presidente Kasavubu. El 1 de noviembre de 1970 fue presidente por un mandato de siete años.
En 1971 inició la denominada "política de autenticidad": cambió el nombre de República del Congo por el de República de Zaire, la bandera, la moneda y los nombres occidentales de las provincias, ciudades y ríos, incluído el suyo propio, ya que pasó a denominarse Mobutu Sesé Seko.
Condicionado por las presiones internacionales, en abril de 1990 anunció el restablecimiento del multipartidismo en Zaire después de tres décadas de partido único (Partido Popular para la Revolución) al tiempo que anunció la creación de una Conferencia Nacional para democratizar el sistema.
Dos años más tarde, en agosto de 1992, la Conferencia elegía al lider opositor Etiene Tshisekedi como primer ministro del primer gobierno de transición aunque Mobutu lo destituyó en enero de 1993 para poner en su lugar a uno de sus fieles colaboradores, Faustin Birindua, si bien la comunidad internacional continuó reconociendo a aquel.
Desde 1990 a 1995 Mobutu ha destituído a siete primeros ministros de transición aunque esa facultad pertenece al Alto Consejo de la República. Asimismo, ha anunciado en seis ocasiones la asunción de autoridades elegidas democraticamente.
La última de ellas fue en julio de 1996, fecha en la que el Parlamento de Transición anunció la convocatoria de los comicios legislativos y presidenciales para finales de 1997.
Entre los numerosos viajes del presidente de la República de Zaire figura el realizado a Madrid, en junio de 1972. En abril de 1996 realizó una visita privada a París desde su residencia de Roquebrune-Cap-Martin, en la Costa Azul francesa, para una reunión con el presidente francés, Jacques Chirac, que no figuraba en su agenda oficial.
El 22 de agosto fue operado de un cáncer de próstata en Suiza. Posteriormente viajó a Niza al serle denegado el visado por las autoridades suizas.
En octubre de 1996, mientras se encontraba en Francia, se desató en Zaire un nuevo conflicto originado por los enfrentamientos entre soldados zaireños y las milicias tutsis, lo que provocó el éxodo másivo de miles de refugiados ruandeses hutus que se encontraban en los campos zaireños debido al conflicto civil que azota a Ruanda.
Mobutu permaneció en Francia mientras duró el conflicto, hasta su regreso a Zaire el 17 de diciembre de 1996.